Во время первой сборки ядра в Calculate Linux столкнулся с рядом вопросов, частично ответ на который дала документация проекта (http://www.calculate-linux.org/main/ru/cl-kernel) (на сегодня в ней уже появились все нужные ответы ).
В репозитарии Gentoo который использует Calculate Linux несколько ядер, найти их можно командой:

$ su
# eix -C sys-kernel

Список ядер будет достаточно большой, значение большей части понятно из описания:

• vanilla-sources – «чистое» ядро с kernel.org
• gentoo-sources – ядро gentoo
• calculate-sources – ядро Cаlculate linux
• xen-sources, vserver-sources – ядра с поддержкой соответсвующих VM

И так далее. Для большинства будут доступны еще и версии.
Смотрим что установлено сейчас:

# uname -r
2.6.31-r6

Кроме этого установленные портежы будут показанны в выводе eix -C как «Installed versions«.

Чтобы установить последнюю версию gentoo-sources вводим:

# USE="symlink" emerge gentoo-sources

Ключ USE=»symlink» создаст символическую ссылку на /usr/src/linux.

# ls /usr/src
linux -> linux-2.6.31-gentoo-r9

Но если например нужна другая версия ядра, смотрим:

# eix -e gentoo-sources

И выбираем из списка то, что нужно, прямо указав нужный номер:

# emerge =sys-kernel/gentoo-sources-2.6.29-r5

Нужно учесть, что все ebuild помеченные знаком «~», не прошли проверку и относятся к нестабильным.
Кроме этого есть виртуальный пакет virtual/linux-sources, который установит последнюю версию текущего ядра.

# cat /usr/local/portage/layman/calculate/profiles/calculate/desktop/CLD/virtuals | grep linux-sources
virtual/linux-sources sys-kernel/gentoo-sources

То есть в нашем случае если ввести:

# emerge virtual/linux-sources

Будет установлена последняя версия gentoo-sources.
Для управления сборкой ядра разработчики Calculate Linux предлагают утилиту cl-kernel. В поставке CLD 10 ее нет, нужно обновить утилиты calculate.

# layman -S; emerge calculate

Все параметры cl-kernel можно узнать запустив скрипт с ключем –help.

Чтобы просто собрать ядро выполняем без каких либо дополнительных опций:

# cl-kernel

Для изменения параметров ядра выполняем:

cl-kernel --menuconfig

Вот в принципе и все.