Устанавливаем из репозитария пакет mintconstructor

$ sudo apt-get install mintconstructor 

Запускаем его через меню или в командной строке:

$ sudo /usr/lib/linuxmint/mintConstructor/mintConstructor.py

Выбираем New Project и указываем расположение ISO файла или оставляем поле пустым если используется диск в приводе. Если распаковка ISO образа уже производилась в Existing Project указываем расположение файлов проекта. Нажимаем Next и ждем когда распакуется образ. Это может занять некоторое время. Теперь нужно изменить состав приложений. Для этого используется chroot окружение, для доступа нажимаем кнопку «Open a chroot terminal«.

Все команды выполненные в таком окружении будут влиять на содержание будущей системы. Устанавливаем/удаляем приложения, меняем настройки и т.п. По окончани следует ввести команды:

# aptitude purge ~c
# aptitude unmarkauto ~M
# apt-get clean; rm -rf /var/cache/debconf/*.dat-old; rm -rf /var/lib/aptitude/*.old; rm -rf /var/lib/dpkg/*-old; rm -rf /var/cache/apt/*.bin; updatedb
# history -c
# rm /root/.bash_history
# rm /root/.nano_history
# history -c

Теперь пересобираем образ воспользовавшись меню.